Где "собака зарыта"?

Мой друг физик о друге химике, который к нему с вопросом: "Ну хорошо, растения поглощают углекислоту и выделяют кислород,а когда они,извините, прошли жизненный цикл, что выделяют, кислород или углекислоту"?
Суть вопроса, понимаю, что при разложении погибших растений выделяется углекислота, потебляется кислород, и все выходит на круги своя, нет кислорода от растений.
Химик упустил биологию - растения, например, деревья живут десятиления и столько кислорода потребляют, что на их разложение уйдет, несомненно, капля в море от кислорода произведенного.
Но у меня тоже вопрос, в чем различие между топливом и биотопливом? Всю жизнь учили,что нефть, уголь, все из растений, биотопливо, другими словами. И, получается, не должно быть различий.
Так где "собака зарыта"? В моем вопросе, разумеется.